这款解谜游戏的开发者是“自然规律”
几天前,Nature上登出了一篇生物学论文,内容主要是关于De novo蛋白质的结构。在文章的作者一栏,除了来自各个国家科研团队的科学家之外,还有一个引人注目的名字——“Foldit的玩家们”。
这篇论文的标题是“由公民科学家设计的De novo蛋白质”,论文的成果来自于一款十几年前被开发出来的多人在线游戏“Foldit”。
“Foldit的玩家们”是这篇论文的第十五作者
Foldit是华盛顿大学计算机系和生物学系在2008年联合开发出的“实验性科学游戏”,目的是借助大量玩家们的力量,找到可能存在的未知蛋白质结构——这是一项没什么捷径、但也并不困难的纯计算工作。
生物学家们已经通过大量实验解明了蛋白质结构的基本原理,只有符合这些原理的蛋白质才能正常存活,进而构成生物;但是蛋白质极为复杂,从基本原理倒推出所有可能存在的蛋白质结构需要大量的计算——预测蛋白质的结构是生物化学领域追求的最重要目标之一,在医学和生物学上都有着极其重要的意义。
蛋白质预测的流程图
Foldit从本质上来说是一款解谜类游戏,玩家们在游戏中要解开的谜题就是“所有正确的蛋白质结构组合”。游戏教程会说明怎样的蛋白质才是正确的,而玩家们要发挥创意和想象力把蛋白质的各个部分拼起来,拼得越接近正确蛋白质,玩家获得的分数就越多。Foldit的玩法简单易懂,几乎不需要生物学知识,趣味性也不差——毕竟,Foldit可能是迄今为止开发阵容最豪华、谜题最多的解谜游戏,它的开发者与其说是科学家们,不如说是自然规律本身。
Foldit的玩家们几乎永远不可能通关这款解谜游戏,但这并没有妨碍到他们的热情。2010年,开发者公布说,有大约 57000 名玩家提供的结构组合要优于预测软件的模拟;一年后,一群玩家用了10天时间协助解读了一种病毒蛋白酶的晶体结构,这是艾滋病毒在细胞中复制、繁殖的关键——由于算力不足,这个问题已经悬置了15年。
十几年来,Foldit已经形成了自己的玩家社区。在游戏的玩家论坛中,有新手入门,有心得分享,有Bug反馈。人们在这里讨论着“用系带将蛋白质限制在球体中”或者“解析黄曲霉素的另一种可能方法”这样的话题,就像其他游戏的玩家在论坛里谈论副本攻略、游戏技巧和配装心得一样。
如果把那些难懂的化学名词想象成其他游戏中的黑话,这里就和一个普通的游戏论坛没有任何区别。
Foldit论坛的帖子列表(机翻)
Foldit的意义不仅在于游戏本身,它还启发了更多的生物学研究者,让他们也开始利用玩家群体辅助研究。其中最出名的类似研究,就是《星战前夜(EVE online)》的“探索计划”——玩家可以在EVE里玩一个内置小游戏,鉴定、分类1300 万个人体细胞蛋白质染色图,获得游戏内货币的奖励;上线仅两年,就有30万玩家参与其中,完成了3300万个图像分类,这些成果都被上传到了公开的人类蛋白图谱数据库之中,可供全世界的科学家使用。
EVE的内置小游戏
“为了科学研究而游戏”现在已经不是一个多么新潮的概念了。我们曾经介绍过多款用于帮助科研或公益目的的游戏,有看上去还不错的,也有很多不怎么样的——它们大多是某些科学家一时兴起的尝试,很快就被放弃,也没法得出太多有价值的科学成果,Foldit则完全不同。
Foldit运营了十几年,还在不断更新——改进界面、简化操作、增加更多玩法,上一次更新就在几周之前。在Nature上搜索Foldit,能得出55篇文章,绝大部分都是引用Foldit成果的生物学论文。
在可预见的未来,Foldit还会给生物学家提供源源不断的研究数据。你可以点击这里,在Foldit的官网下载这款游戏,游戏支持Windows、OSX和Linux系统——也许有一天,你也可以声称“我玩游戏玩成了Nature论文的作者”。